Installation d'openjre 8 et de geonetwork 3.2.1

Prise de notre rapide pour debian jessie en mai 2017. Sur une machine toute neuve sans rien d'autre installé que les utilitaires de base.

toutes les commandes sont à passer sous le compte root. root est réputé avoir bash comme shell.

toutes les commandes montrées sont faites pour être copiées/collées d'un seul coup.

Geonetwork 3.2.1 nécessite java 8, mais à cette date, juin 2017, java 8 n'est disponible que dans les backports de la prochaine version vers la version stable (jessie 8.8). On a donc un petit peu de travail pour installer java8.

Installation préalable de openjdk-7. pour des histoires de dépendance de paquet. Puis il faut installer manuellement ca-certificates-java_20170531_all.deb, sinon, on ne pourra pas installer openjdk-8, à cause de conflits entre ca-certificates-java et openjdk-8. Solution : aller chercher manuellement le paquet sur packages.debian.org dans unstable puis installer le paquet manuellement. Le nom exact du paquet peut varier, par exemple en fonction des révisions du paquet, d'où les lignes barbares exactname=$(…) ci dessous.

apt install openjdk-7-jre-headless
exactname=$(
  wget -O - http://ftp.fr.debian.org/debian/pool/main/c/ca-certificates-java/ |
  sed -ne 's/.*href="\(ca-certificates-java_20170531[^"]*.deb\).*/\1/p'
)
wget http://ftp.fr.debian.org/debian/pool/main/c/ca-certificates-java/$exactname
dpkg -i $exactname

Installer openjdk-8-jre-headless. cf http://stackoverflow.com/questions/35130798/install-java-8-in-debian-jessie

echo deb http://http.debian.net/debian jessie-backports main >> /etc/apt/sources.list
apt update && apt install openjdk-8-jre-headless
apt purge openjdk-7-jre-headless # plus besoin maintenant.
update-alternatives --config java # normalement inutile, il ne reste que java 8

apt-get -y install \
    tomcat8 libpostgresql-jdbc-java \
    libpostgis-java postgresql-client

et puis donner de la mémoire à tomcat, plein de mémoire à la JVM pour geonetwork. Au strict minimum 2Go. ici, on donne 2048 de RAM, soit 2 Go à la JVM. Mais en prod, j'ai du mettre plus, sinon, boom la JVM manque de mémoire et s'arrête.

sleep 2
systemctl stop tomcat8
sed -i -e 's/^\(JAVA_OPTS=.*\)-Xmx[^ ]*\(.*\)/\1-Xms2048m -Xmx2048m -XX:+UseConcMarkSweepGC\2/' /etc/default/tomcat8
# Ne pas redémarrer tomcat8 maintenant.

1. tomcat8 est toujours arrêté
2. donner le dossier /var/lib/tomcat8 à tomcat8 car geonetwork va tenter de créer une base de données H2 juste dans ce dossier. Par défaut ce dossier appartient à root et seuls certains sous dossiers appartiennent à tomcat8.

   find /var/lib/tomcat8 -ls >/var/lib/tomcat8/files-and-users
   chown -hR tomcat8: /var/lib/tomcat8

3. Aller chercher le war chez geonetwork.le poser pour l'instant dans /var/lib/tomcat8/webapps/geonetwork.war . Il peut appartenir à root si on veut ça n'a pas d'importance.

   cp /tmp/geonetwork.war /var/lib/tomcat8/webapps/geonetwork.war

4. démarrer tomcat8, patienter

   systemctl start tomcat8

5. attendre longtemps avant de tenter de se connecter à cette nouvelle instance.
   lancer top et attendre que java passe de 100% de CPU à pas grand chose.

   top example

   top - 19:02:18 up 41 min,  2 users,  load average: 0.73, 0.67, 0.31
   Tasks:  77 total,   1 running,  76 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
   %Cpu(s): 94.6 us,  5.4 sy,  0.0 ni,  0.0 id,  0.0 wa,  0.0 hi,  0.0 si,  0.0 st
   KiB Mem:   8195964 total,  1714800 used,  6481164 free,      992 buffers
   KiB Swap:   385020 total,        0 used,   385020 free.  1260812 cached Mem
    
     PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S %CPU %MEM     TIME+ COMMAND
   13782 tomcat8   20   0 5186796 312088  17312 S 99.9  3.8   0:13.92 java
       1 root      20   0   28696   4748   3072 S  0.0  0.1   0:01.12 systemd
       2 root      20   0       0      0      0 S  0.0  0.0   0:00.00 kthreadd
       3 root      20   0       0      0      0 S  0.0  0.0   0:00.30 ksoftirqd/0
       5 root       0 -20       0      0      0 S  0.0  0.0   0:00.00 kworker/0:0H
       6 root      20   0       0      0      0 S  0.0  0.0   0:00.27 kworker/u2:0

   
   Ensuite, aller voir http://votreserveur.votre-univ.fr:8080/geonetwork/
   user admin, mot de passe admin
   image du résultat attendu

Quoi qu'on fasse geonetwork crée initialement une base de données h2. Comme l'environnement est encore vide, on va la remplacer par une base de données postgis ou postgres. Il me semble que selon une doc de geonetwork, ça n'est intéressant que si on a plusieurs dizaine de milliers de fiches. C'est pas notre cas (enfin à moi, hein), mais tout mettre dans une base de stype SQL, ça me rassure, car je sais les cloner, sauvegarder, restaurer, dupliquer, et éventuellement modifier en ligne de commande, alors que je suis moins à l'aise avec une base h2. Lorsqu'on utilise une base postgres simple, geonetwork utilise toujours un fichier pour son index spatial, avec une base postgres munie de l'extension postgis et une configuration adéquate de geonetwork, l'index spatial est également géré par le moteur de base de données.

Si vous n'avez pas de serveur postgres sous la main, vous pouvez en installer un très rapidement, en suivant les instructions à la fin de cette page.

Les fichiers mentionnés ici sont relatifs à la base du déploiement de geonetwork. Ainsi quand on parle de WEB-INF/config-node/srv.xml, si vous avez déposé le war de geonetwork dans /var/lib/tomcat8/webapps/geonetwork.war il s'agit de /var/lib/tomcat8/webapps/geonetwork/WEB-INF/config-node/srv.xml

1. Rassembler les informations de connexion :
   • nom du serveur de base de données : monserveur.mon-univ.fr, localhost,…
   • port de connexion : 5432 dans 99,99% des cas
   • nom de la base de données
   • utilisateur de connexion à la base
   • mot de passe de connexion
2. Arrêter tomcat8

   systemctl stop tomcat8

3. Utiliser au choix, postgres seul ou postgres + postgis. Il faut commenter/décommenter quelques lignes dans le fichier WEB-INF/config-node/srv.xml.
   • Pour le pilote postgres seul, décommentez la ligne <import resource=“../config-db/postgres.xml”/> et commentez les autres. Le résultat est à peu près ça

     WEB-INF/config-node/srv.xml

     <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
     <beans default-lazy-init="true"
         xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans"
         xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
         xsi:schemaLocation="http://www.springframework.org/schema/beans http://www.springframework.org/schema/beans/spring-beans.xsd" >
      
         <import resource="classpath*:/config-spring-geonetwork.xml"/>
         <import resource="../config-db/database_migration.xml"/>
      
         <bean id="nodeInfo" class="org.fao.geonet.NodeInfo">
             <property name="id" value="srv" />
             <property name="defaultNode" value="true" />
         </bean>
      
         <!-- Uncomment the database configuration you need to use -->
         <!--<import resource="../config-db/h2.xml"/>-->
         <!--<import resource="../config-db/jndi-postgres-postgis.xml"/> -->
         <!--<import resource="../config-db/oracle.xml"/>-->
         <!--<import resource="../config-db/mysql.xml"/> -->
         <!--<import resource="../config-db/db2.xml"/> -->
         <import resource="../config-db/postgres.xml"/>
         <!--<import resource="../config-db/sqlserver.xml"/> -->
         <!--<import resource="../config-db/postgres-postgis.xml"/> -->
     </beans>

   • ou, pour l'utilisation du couple postgre-postgis, la seule ligne non commentée est <import resource=“../config-db/postgres-postgis.xml”/> et le résultat sera

     WEB-INF/config-node/srv.xml

     <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
     <beans default-lazy-init="true"
         xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans"
         xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
         xsi:schemaLocation="http://www.springframework.org/schema/beans http://www.springframework.org/schema/beans/spring-beans.xsd" >
      
         <import resource="classpath*:/config-spring-geonetwork.xml"/>
         <import resource="../config-db/database_migration.xml"/>
      
         <bean id="nodeInfo" class="org.fao.geonet.NodeInfo">
             <property name="id" value="srv" />
             <property name="defaultNode" value="true" />
         </bean>
      
         <!-- Uncomment the database configuration you need to use -->
         <!--<import resource="../config-db/h2.xml"/>-->
         <!--<import resource="../config-db/jndi-postgres-postgis.xml"/> -->
         <!--<import resource="../config-db/oracle.xml"/>-->
         <!--<import resource="../config-db/mysql.xml"/> -->
         <!--<import resource="../config-db/db2.xml"/> -->
         <!--<import resource="../config-db/postgres.xml"/>-->
         <!--<import resource="../config-db/sqlserver.xml"/> -->
         <import resource="../config-db/postgres-postgis.xml"/>
     </beans>

4. Configuration de l'accès à la base, postgres ou postgis. Même configuration. Il faut juste changer et ajuster les valeurs des propriétés relatives à la connexion à la base de données. Ce sont les 5 premières. Voilà à quoi pourrait ressembler ce fichier

   WEB-INF/config-db/jdbc.properties

   jdbc.username=ugeonet
   jdbc.password=jaikee9Tejopoo
   jdbc.database=geonetdb
   jdbc.host=bdds.mon-univ.fr
   jdbc.port=5432
   jdbc.basic.removeAbandoned=true
   jdbc.basic.removeAbandonedTimeout=120
   jdbc.basic.logAbandoned=true
   jdbc.basic.maxActive=33
   jdbc.basic.maxIdle=\${jdbc.basic.maxActive}
   jdbc.basic.initialSize=\${jdbc.basic.maxActive}
   jdbc.basic.maxWait=200
   jdbc.basic.testOnBorrow=true
   jdbc.basic.timeBetweenEvictionRunsMillis=10000
   jdbc.basic.minEvictableIdleTimeMillis=1800000
   jdbc.basic.testWhileIdle=true
   jdbc.basic.numTestsPerEvictionRun=3
   jdbc.basic.poolPreparedStatements=true
   jdbc.basic.maxOpenPreparedStatements=1200
   jdbc.basic.validationQuery=SELECT 1
   jdbc.basic.defaultReadOnly=false
   jdbc.basic.defaultAutoCommit=false
   EOH

5. redémarrage du serveur tomcat8

   systemctl start tomcat8

Vous n'avez pas de serveur postgres ? pas grave. Installez en un sur votre serveur super rapidement :

1. Installation du serveur

   apt install postgresql
   apt-get -o apt::install-recommends=true install postgis

2. devenir postgres pour les deux opérations suivantes :

   su - postgres

3. Créer un utilisateur ugeonetdb pour postgres

   createuser --no-createdb --encrypted --login --pwprompt --no-createrole --no-superuser ugeonetdb

4. Créer une base de données pour cet utilisateur

   createdb --owner=ugeonetdb --encoding=UTF-8 dbgeonetwork

5. Si vous voulez installer postgis dans cette base pour que geonetwork utilise cette base de données pour son index spatial, alors

   psql dbgeonetwork <<<'CREATE EXTENSION postgis;'
   psql dbgeonetwork <<<'CREATE EXTENSION postgis_topology;'

6. abandonner le compte postgres, retour en root

   exit

7. Les paramètres de connexion à renseigner dans le fichier WEB-INF/config-db/jdbc.properties seront alors
   insérer le mot de passe que vous venez de définir:

   jdbc.username=ugeonetdb
   jdbc.password=Mettez ici le mot de passe de la BBD que vous venez de définir.
   jdbc.database=dbgeonetwork
   jdbc.host=localhost
   jdbc.port=5432

8. Vous pouvez alors retourner à remplacer la BDD H2 par une bdd postgres ou postgis et poursuivre.

— Christophe Martin 2017/05/18 17:04:29